大航海时代4中加深了对于当时欧洲殖民扩张与殖民贸易的描写，诸如签订契约、独占贸易港、建立贸易航路、四处探险发现财宝特产等，无不折射出那个年代特殊的历史背景。游戏遍布于世界的各个角落，而不再继续以欧洲为世界观的中心。

在原有的4个主角的基础上加入了3名新主角人物——亚伯拉罕·易文·伍丁、杏太郎·佐伯、蒂雅·瓦曼·恰斯卡。在剧情上，三名新主角的剧情发生时间稍早于通常版的4名主角，在新主角的剧情中，原有4名主角还未建立自己的势力，但会在剧情中出场，或成为新主角的航海伙伴。

此外，在游戏性上，PK版追加了大量新的剧情事件、交易品、宝物、遗迹、港口、船只种类等。此外，在PK版中玩家可以自由接受各同业公会的委托，还加入了船只定制、交易品进价表示等新功能。

1.黄金军刀——北34 东32

2.米罗的维纳斯——北43 东12

3.弥诺陶洛斯的大斧——北35 东26

4.波塞冬的吼叫——北38 西28

5.讲究的长统靴——北31 东26

6.犹太的魔剑——北32 东34

7.密涅瓦的盾——北37 东28

8.赫斯提亚的锅——北32 东20

9.赫洛菲洛斯的医学书——北43 东38

10.战神的圣枪——北37 东26

11.菲狄亚斯的凿子——北38 东20

12.维萨斯的天平——北40 东25

13.卡尔·马提铠甲——北43 东3

14.赫密士的祈祷——北43 东31

15.漆黑的双刃剑——北39 东1

16.仙女的彩绸——北36 东35